人防工程通风系统的运行方式分为平时和战时两种。平时通风主要满足平时使用或维护的要求。战时有三种通风方式。战时通风方式的转换主要取决于工程外空气是否受到污染以及污染程度。转换顺序为清洗隔离病毒过滤清洗（清洗后）。
　　让我们看一下以下内容清洁通风。这种方式很容易理解，即当项目外的空气不受有毒有害物质污染时，系统的运行方式；滤毒通风，所谓滤毒通风。当项目外的空气受到有毒有害物质污染时，进入项目的空气经过净化、过滤后，再分配到项目内，用过的空气通过超压排气系统排出。当出现下列任一情况时，工程将转入病毒过滤通风：
　　当急需人员进出工程时，需要形成的超压值；当毒物沿缝隙进入项目时，会威胁到项目人员的；经过时间的隔离，空气中的二氧化碳浓度上升到规定的标准，使人员难以维持。
　　隔离通风。所谓隔离通风是指在工程隔离保护中，通风系统实现内循环通风的运行方式。隔离防护是利用工程本身的防护能力和气密性，防止有毒有害物质污染空气进入工程的人防工程防护方法。有下列情形之一的，移交隔离保护：当敌人对现场或攻击初期进行报警时；当项目外发生大面积火灾时当外界空气中毒时，当过滤器失效时，当通风孔堵塞，通风设备损坏时。